La UNM ha adoptado una estructura departamental que incluye Centros de Estudios, Programas Especiales, Institutos y Carreras.
Departamentos y carreras
Actualmente, la Universidad cuenta con cuatro Departamentos Académicos y ofrece varias alternativas de estudios universitarios, con carreras de grado, ciclos de licenciatura y una propuesta inicial de seminarios de posgrado.
Cada Departamento constituye una unidad organizativa, que orienta las actividades de docencia e investigación de las áreas constituidas por disciplinas afines. Entre otras tareas, se ocupa de favorecer la comunicación y colaboración entre docentes y estudiantes, brindando cohesión al quehacer académico.
Su autoridad máxima es el Consejo Departamental, integrado por el Director General-Decano del Departamento, los Coordinadores-Vicedecanos de cada una de las Carreras de su dependencia y representantes de los estamentos docente y estudiantil.
Las Carreras, en tanto, son unidades de gestión y administración curricular, que dependen de los Departamentos Académicos. Cada carrera cuenta con un Consejo Asesor, integrado por representantes de los estamentos docente y estudiantil.
Centros de estudios
Constituyen unidades organizativas específicas, con fines de docencia, investigación y/o extensión.
Actualmente, la UNM cuenta con varios Centros de Estudios cuyos objetivos son contribuir a la promoción, producción y difusión de conocimientos en cada una de las materias de su competencia, tanto teórico como aplicado.
Institutos
Son unidades organizativas específicas, con fines de docencia, investigación y/o extensión, vinculados al trabajo con otros organismos.
Programas especiales
Constituyen unidades organizativas específicas dedicadas a la generación y transferencia de conocimientos ligadas a cuestiones disciplinarias específicas relevantes o requerimientos de interés comunitario. Bajo esta modalidad, funcionan actualmente varias unidades.