La Universidad Nacional de Moreno organiza los procesos de conducción y gestión en base a siete secretarías dependientes del Rectorado:
- Secretaría Académica
- Secretaría de Ciencia y Tecnología
- Secretaría de Extensión Universitaria
- Secretaría de Administración
- Secretaría Legal y Técnica
- Secretaría de Tecnologías de la Información y Comunicación
- Secretaría de Relaciones Internacionales e Institucionales
Cada una de estas Secretarías que integran la Estructura de la UNM se diferencian en objetivos, actividades y responsabilidades, de manera de alinear sus respectivas capacidades de gestión con las necesidades de funcionamiento universitario.
